Όπως παρατηρεί η ''Maria Dzielska'': ''"αν είχαν μελετήσει τις αρχαίες πηγές τους με μεγαλύτερη προσοχή, θα είχαν διακρίνει μια πολύ πιο περίπλοκη προσωπικότητα"''<ref>Dzielska Maria, ''Υπατία η Αλεξανδρινή'', ό.π., σελ. 21.</ref>. Αν και ''"ο Βολταίρος εκμεταλλεύθηκε το πρόσωπο της Υπατίας για να εκφράσει την αποστροφή του προς...τη θρησκεία εξ αποκαλύψεως...το «θύμα των προλήψεων και της άγνοιας»'' [δηλ. η Υπατία] ''όχι μόνο πίστευε στις λυτρωτικές δυνάμεις της λογικής αλλά επίσης αναζητούσε τον Θεό μέσα από τη θρησκευτική αποκάλυψη"''<ref>Dzielska Maria, ''Υπατία η Αλεξανδρινή'', ό.π.</ref>. Επιπλέον, η περίφημη θρησκευτική αντίθεση που διατυπώνεται στον θρύλο της ''Υπατίας'' δεν βρίσκει σοβαρά ερίσματα στις πηγές: ''"οι χριστιανοί την εκτιμούσαν"'' και η διάσημη [[Φιλοσοφία|φιλόσοφος]] ''"απολάμβανε γενικής εκτίμησης και σεβασμού"''<ref>Μεταλληνός Δ. Γεώργιος, ''Παγανιστικός Ελληνισμός...'', ό.π., σελ. 140.141.</ref> (''"πάντες...αυτήν ηδούντο και κατεπλήττοντο"''<ref>Σωκράτoυς, ''Εκκλ. Ιστορία'', '''''PG''''' 67,768Β</ref>), ενώ ''"η παρθενία της Υπατίας τη φέρνει πλησιέστερα προς τις άγιες χριστιανές γυναίκες παρά στις παγανίστριες, που συνήθως παντρεύονταν"''<ref>Dzielska Maria, ''Υπατία η Αλεξανδρινή'', ό.π., σελ. 106, υποσημ. #50.</ref>. Ο χριστιανός ''Σωκράτης'' ''"επαινεί την Υπατία για την παιδεία της [...] όπως ο παλαιός μαθητής της Συνέσιος"'', χριστιανός και αυτός<ref>Μεταλληνός Δ. Γεώργιος, ''Παγανιστικός Ελληνισμός...'', ό.π., σελ. 140.</ref>. Άλλωστε, η ''Υπατία'' ήταν σύμμαχος με τον έπαρχο της ''Αιγύπτου'' τον ''Ορέστη'' ο οποίος επίσης ''"ήταν χριστιανός και εκπρόσωπος ενός χριστιανικού κράτους, υποστηριζόταν από μέλη της χριστιανικής διανόησης της πόλης καθώς και από ένα τμήμα του χριστιανικού πληθυσμού που τον είχε υπερασπιστεί στην επίθεση των μοναχών"''<ref>Dzielska Maria, ''Υπατία η Αλεξανδρινή'', ό.π., σελ. 168.</ref>.
Ακόμη και στην περίπτωση που επιμείνουμε ότι ήταν μια περίπτωση δίωξης ιδεών, φαίνεται δύσκολη η ιδεολογική εκμετάλλευση τέτοιων γεγονότων σε συνδυασμό με την προσπάθεια να εμφανιστούν ως φαινόμενα μοναδικά στην ιστορία, τα οποία σχετίζονται μόνο με την εμφάνιση του Χριστιανισμού και δείχνουν ''"τη διαφορά ανάμεσα στον παλιό και στον νέο κόσμο"'' (όπως έλεγε ο ιστορικός ''Εδουάρδος Γίββων'' τον 18ο αιώνα)<ref>Βλ. Dzielska Maria, ''Υπατία η Αλεξανδρινή'', ό.π., σελ. 22.</ref>. Γνωρίζουμε καλά πως και στην Αρχαία ''Αθήνα'', η οποία αποτελούσε πρότυπο για τους ''Διαφωτιστές'', ''"στο τελευταίο τρίτο του 5ου αιώνα π.Χ."'' συναντάμε ''"διωγμούς των διανοούμενων για λόγους θρησκευτικούς"'' καθώς ''"η έλλειψη πίστης στο υπερφυσικό και η διδασκαλία της αστρονομίας αποτελούσαν αξιόποινα αδικήματα. Στα επόμενα τριάντα τόσα χρόνια γινόμαστε μάρτυρες μιας ολόκληρης σειράς δικών"'' στα θύματα των οποίων ''"περιλαμβάνονται οι περισσότεροι αρχηγοί της προοδευτικής σκέψης της Αθήνας -ο Αναξαγόρας, ο Διαγόρας, ο Σωκράτης, μάλλον ο Πρωταγόρας, και πιθανόν ο Ευριπίδης''...[και] ''δεν ξέρουμε πόσοι άλλοι ασημότεροι θα πρέπει να υπέφεραν για τις ιδέες τους"'' σε ''"μια εποχή Διωγμών: δίωξη των διανοουμένων, παρωπίδες στη σκέψη, και ακόμη (αν πρέπει να πιστέψουμε την παράδοση σχετικά με τον Πρωταγόρα) κάψιμο των βιβλίων"''<ref>Dodds R. Ε., ''Οι Έλληνες και το Παράλογο'', έκδ. 2η αναθεωρημένη, Καρδαμίτσας, Αθήνα 1996, σελ. 123-124.</ref>. Και μεταγενέστερα όμως, διαπιστώνουμε ότι αυτές οι διώξεις ήταν ο κανόνας σε όλη την τη ρωμαϊκή περίοδο πριν την επικράτηση του χριστιανισμού, καθώς, όπως σημειώνει ο ''G.E.M. de Ste Croix'' ''"οι εθνικοί"'' αποδέχονταν μεν την ''"αρμονική συνύπαρξη...πολλών μορφών παγανισμού"'' αλλά την ''"ανεξιθρησκία...είχαν πάντα τη διάθεση να την επιτρέψουν ο ένας στον άλλον, αλλά όχι στους χριστιανούς"''<ref>De Ste. Croix, G. E. M., ''Ο χριστιανισμός και η Ρώμη, διωγμοί, αιρέσεις και ήθη'', ΜΙΕΤ, Αθήνα 2005, σελ. 26.</ref>.
Κατά συνέπεια, απόψεις που οδηγούν στο συμπέρασμα ότι τέτοια γεγονότα εμφανίζονται με τον Χριστιανισμό ή τον χαρακτηρίζουν συνολικά, αποτελούν ''"προλήψεις"'' που ''"πρέπει να διαλυθούν"''<ref>Ματσούκας Α. Νίκος, ''Ορθοδοξία και Αίρεση...'', ό.π., σελ. 222.</ref>· Τέτοιες ''προλήψεις'' ''"όπως φαίνεται δεν υπήρχαν διόλου στη σκέψη του Σωκράτη, γι' αυτό ακριβώς είναι αντικειμενικός και αμερόληπτος Χριστιανός"''<ref>Ματσούκας Α. Νίκος, ''Ορθοδοξία και Αίρεση...'', ό.π.</ref>. Πράξεις όπως το έγκλημα κατά της ''Υπατίας'' ''"προέρχονται από την ανθρώπινη κακότητα, που καλλιεργείται και ανδρώνεται από προσωπικούς και κοινωνικούς παράγοντες. Οι εκδηλώσεις της κακότητας δείχνουν πως η θεραπεία, την οποία επαγγέλλεται η Εκκλησία, δεν έγινε. Και ο λόγος είναι σαφής· μια τέτοια θεραπεία προϋποθέτει την ελεύθερη αποδοχή"'' από τον άνθρωπο<ref>Ματσούκας Α. Νίκος, ''Ορθοδοξία και Αίρεση...'', στο ίδιο.</ref>. Η Εκκλησία επιδιώκει μόνο τη θεραπεία της βούλησης και ''"δεν την εξαφανίζει"'': σε καμία περίπτωση ''"ο ελεύθερος υπαρξιακός παράγοντας"'' δεν προορίζεται ''"αναγκαστικά σε μια διαμόρφωση"''<ref>Ματσούκας Α. Νίκος, ''Ορθοδοξία και Αίρεση...'', ό.π.</ref>.