Ο ''Ιωάννης Μαλάλας'', έναν αιώνα αργότερα, αναφέρει ότι ''"εκείνον δε τον καιρόν παρρησίαν λαβόντες υπό του επισκόπου"'' ''"οι Αλεξανδρείς"'', δολοφόνησαν την ''Υπατία''<ref>Ιωάννης Μαλάλας, ''Χρονογραφία'', '''''PG''''' 97,536Α.</ref>. Για το εδάφιο αυτό, το οποίο στη βιβλιογραφία δεν φαίνεται να χρησιμοποιείται ιδιαίτερα, υπάρχει η αντίληψη ότι αποτελεί ''"μια ασαφή πληροφορία"''<ref>Στο πρωτότυπο: ''"vague scraps of information have reached the pages of Malalas"'' (J. M. Rist, ''Hypatia'', Phoenix, τόμ., 19, αρ. 3, (Φθινόπωρο 1965), σελ. 215).</ref>. Η ''Maria Dzielska'', έχει επισημάνει ότι ''"η πλέον αξιόπιστη πηγή"'' είναι ο σύγχρονος των γεγονότων ''Σωκράτης'' και ακόμα ότι ''"η μοναδική σαφής και ξεκάθαρη κατηγορία κατά του πατριάρχη και των χριστιανών της Αλεξάνδρειας αναφέρεται στο έργο του Δαμασκίου Ισιδώρου βίος"''<ref>Dzielska Maria, ''Υπατία η Αλεξανδρινή'', ό.π., σελ. 44.</ref>. Το ίδιο σημειώνει και ο καθ. Στ. Παπαδόπουλος: ''"καμία ιστορική πηγή δεν αποδίδει άμεσα ευθύνη"'' στον ''Κύριλλο''<ref>Παπαδόπουλος Γ. Στυλιανός, ''Άγιος Κύριλλος...'', ό.π., σελ. 30.</ref>. Αυτό ίσως σημαίνει, ότι ερμηνεύει την φράση του ''Μαλάλα'' στο ίδιο πνεύμα με τον ''J.C. Robertson'', ότι οι οπαδοί του ''Κύριλλου'' ήταν ενθαρρημένοι από την μέχρι τότε συμπεριφορά του<ref>Στο πρωτότυπο: ''"they had unquestionably drawn encouragement from his earlier proceedings"'' (Philip Schaff, ''History of the christian church'', Vol. 3 (Chapter X, §171. Cyril of alexandria), Wm. B. Eerdmans, Grand Rapids, Michigan 1910, σελ. 943, υποσημ. #1).</ref>. Διευκρινίζει όμως ο ''J.C. Robertson'' πως το γεγονός ''"ότι ο Κύριλλος είχε οποιαδήποτε συμμετοχή σε αυτή τη θηριωδία, φαίνεται να αποτελεί μια αστήρικτη συκοφαντία"''<ref>Στο πρωτότυπο: ''"That Cyril had any share in this atrocity appears to be an unsupported calumny"'' (Philip Schaff, ''History of the christian church'', ό.π.</ref>. Κατά συνέπεια, δεν θα πρέπει να κατανοηθεί ότι ο ''Μαλάλας'' μιλά για σαφή σχεδιασμό ή συμμετοχή του ''Κύριλλου'' στο έγκλημα αλλά περισσότερο τον αναφέρει ''"ως εξερεθίσαντα τον ευερέθιστον λαόν της Αλεξανδρείας"''<ref>Άρθρο ''Υπατία'', στο: Βουτυράς Σταύρος, ''Λεξικόν Ιστορίας και Γεωγραφίας πάντων των εθνών από των αρχαιοτάτων χρόνων'', τόμ. 9, εν Κωνσταντινουπόλει 1890, σελ. 23.</ref>.

Αυτό που μοιάζει βέβαιο στις κρίσεις των ερευνητών, είναι ότι οι ένοχοι ήταν οπαδοί του ''Κύριλλου''. Στο ''"The Oxford dictionary of the Christian Church"'', στα δύο άρθρα που αναφέρονται στο γεγονός, μεταφέρεται η σχετική αβεβαιότητα για τη συμμετοχή του ''Κύριλλου'', και η βεβαιότητα ότι επρόκειτο για υποστηρικτές του: ''α)'' άρθρο ''Cyril'': ''"Ο Κύριλλος'' [...] ''άνοιξε διαμάχη με'' [...] ''τον αυτοκρατορικό έπαρχο, Ορέστη, και αν αυτός ο ίδιος δεν έφερε καμία προσωπική ευθύνη για το θάνατο της διακεκριμένης φιλοσόφου Υπατίας, η δολοφονία της ήταν σίγουρα έργο των υποστηρικτών του."''<ref>Στο πρωτότυπο: ''"Cyril'' [...] ''opened warfare with'' [...] ''the Imperial prefect, Orestes, and if he himself bore no personal responsibility for the death of the distinguished philosopher Hypatia, her murder was certainly the work of his supporters."'' (Cross F. L.-Livingstone E. A., ''The Oxford dictionary of the Christian Church'', 3rd ed., Oxford University Press, New York 1997, σελ. 446).</ref>, ''β)'' άρθρο ''Hypatia'': ''"δέχθηκε επίθεση από έναν χριστιανικό όχλο υπό τον έλεγχο Πέτρου του Αναγνώστη και θανατώθηκε. Ο αρχιεπίσκοπος, Κύριλλος, θεωρήθηκε ύποπτος για ανάμιξη, αλλά η ευθύνη του, δεν αποδείχθηκε ποτέ."''<ref>Στο πρωτότυπο: ''"she was attacked by a Christian mob under Peter the Reader and put to death. The archbishop, Cyril, was suspected of complicity, but his responsibility was never proved."'' (Cross F. L.-Livingstone E. A., ''The Oxford dictionary of the Christian Church'', 3rd ed., Oxford University Press, New York 1997, σελ. 817).</ref>.