Κατά το 10 αιώνα, σύμφωνα με το βιογράφο του [[Αθανάσιος ο Αθωνίτης|Αθανασίου του Αθωνίτη]], τρεις άρχοντες από την Αδριανούπολη, θέλησαν να συνεισφέρουν οικονομικά, προσφέροντας 9.000 χρυσά νομίσματα στη [[Ιερά Μονή Μεγίστης Λαύρας]]. Ο ίδιος ο ''Αθανάσιος'' τους προέτρεψε να ιδρύσουν ένα νέο μοναστήρι, υποδεικνύοντας τη θέση της σημερινής μονής. Έτσι από έγγραφο του ''Πρώτου Θωμά'', που χρονολογείται στο έτος 985, μας είναι σήμερα γνωστό πως ήδη στα τέλη του 10ου αιώνα, υπήρχε ηγούμενος στη μονή με το όνομα Νικόλαος, κάτι που αποτελεί και την αρχαιότερη επίσημη γραπτή μαρτυρία περί της ιδρύσεως της Μονής Βατοπαιδίου.

Μεταξύ των ετών 999 και 1002 μαθαίνουμε για τη φιλονικία μεταξύ της ''μονής Βατοπαιδίου'' και ''Φιλαδέλφου'', όταν η δεύτερη κτίσθηκε κοντά στη ''μονή Βατοπαιδίου'' επιζητώντας την κυριότητα αυτής. Μέσα από την επιστολογραφία διαπιστώνεται ο ισχυρισμός του ηγουμένου πως η ''μονή Βατοπαιδίου'' δεν κτίσθηκε από τους τρεις άρχοντες, αλλά πως ανακαινίσθηκε από αυτούς. Λίγα έτη αργότερα θα λάβει τη δεύτερη θέση στην ιεραρχία μεταξύ των μονών του Αγίου Όρους, όπου και παραμένει ως σήμερα, και θα αρχίσει να γνωρίζει μεγάλη άνθιση αφού σταδιακά αναπτύσσεται και εκτός Αγίου Όρους. Έτσι προσαρτώνται στη μονή μικρότερα μοναστήρια όπως η ''Ιεροπάτωρος'', ''Βερροιώτου'', ''Καλέντζη'', ''Τριπολίτου'', ''Χαλκέως'' κ.α. αλλά και προσαρτά και μετόχια όπως της ''Προσφορίου'', ''Περιθερίου'', ''Χρυσουπόλεως'' και ''Αγίου Δημητρίου''. Προσελκύει επίσης το ενδιαφέρον αυτοκρατόρων οι οποίοι αφιερώνουν χρήματα στη μονή, αλλά κατά την εποχή του ''Αλεξίου Κομνηνού'' η μονή χάνει μεγάλο μέρος των μετοχιών και των μοναστηριών της εξ αιτίας των συχνών πολέμων. Στα τέλη του 12ου αιώνα όμως η μονή δεν έχει χάσει την αίγλη της και σε αυτή μονάζουν ο πρώην Σέρβος ηγεμόνας Συμεών Νεμάνια και ο γιός του Σάββας, μετέπειτα πρώτος αρχιεπίσκοπος και εθνάρχης των Σέρβων. Αυτή μάλιστα είναι και η εποχή της μεγαλύτερης ακμής της μονής η οποία αριθμούσε 800 μοναχούς. Ιδρύει επίσης ακόμα και τη μονή Χελανδαρίου ή Χιλιανδαρίου, η οποία σήμερα αποτελεί μία ξεχωριστή μονή.