Τα οστά του βρίσκονταν στην [[''Κωνσταντινούπολη]] '' μέχρι το [[1204]]. Μετά την πτώση της στους σταυροφόρους της [[Δ' Σταυροφορία|Δ΄ Σταυροφορίας]] μεταφέρθηκαν στη [[Ρώμη]], αλλά επιστράφηκαν στο [[Οικουμενικό Πατριαρχείο ]] 800 χρόνια μετά, στις [[27 Νοεμβρίου]] [[2004]] από τον [[Πάπας Ιωάννης Παύλος Β'|Πάπα Ιωάννη Παύλο Β΄]]. Η [http://www.rel.gr/photo/displayimage.php?album=9&pos=1 κάρα] του Αγίου Ιωαννου Ιωάννου του Χρυσοστόμου βρίσκεται στο [[Άγιο Όρος]], στην Ιερά Μεγίστη [[Μονή Βατοπεδίου]]. Μάλιστα το αριστερό αυτί του παραμένει αναλοίωτο αναλλοίωτο στους αιώνες. Η Εκκλησιαστική παράδοση αναφέρει ότι αυτό ήταν το αυτί που ο μαθήτης μαθητής του Χρυσοστόμου [[Πατριάρχης Πρόκλος|Πρόκλος]] έβλεπε τον [[Απόστολος Παύλος|Απόστολο Παύλο]] να υπαγορεύει την ερμηνεία των αποστολικών χωρίων και των Γραφών προς τον Χρυσόστομο.