Όπως έχει ήδη αναφερθεί, η θεολογία του Ιουστίνου, φαίνεται να περιέχει και προβληματικά σημεία. Αυτά κυρίως εκκινούν από τη φιλοσοφική θεώρηση ορισμένων θεολογικών προεκτάσεων κυρίως κοσμολογικής προελεύσεως. Το βασικό αυτό πρόβλημα, είναι η γνωστή στην απολογητική γραμματεία, υποταγή του Λόγου. Μία τέτοια θεολογία κατά τον Αν. Θεοδώρου είναι φυσική και αβίαστη συνέπεια της περί Θεού αντιλήψεως του Ιουστίνου<ref>Αν. Θεοδώρου, Ιστορία των Δογμάτων, σελ. 72</ref>. Οι λόγοι που οδήγησαν τον Ιουστίνο σε μία τέτοια θεολογία είναι κατά βάση τρεις: η θεωρία περί απολύτου υπερβατικότητος του Θεού, με αποτέλεσμα ο Θεός να έχει ανάγκη από ενδιάμεσο όργανο για να έλθει σε επαφή με τον κόσμο, η γέννηση του Λόγου, που γίνεται βουλή του Πατρός και η ανάγκη διαφυλάξεως της ενότητος της [[Αγία Τριάδα|Τριάδος]] η οποία στο φιλοσοφικό περιβάλλον της εποχής με βάση την ετερότητα των υποστάσεως υποστάσεων θα οδηγούσε σε διάσπαση. Η υποταγή όμως θα αποδείκνυε μία γνώμη και όχι έτερες<ref>Αν. Θεοδώρου, Ιστορία των Δογμάτων, σελ. 73</ref>. Γενικώς η έννοια της υποταγής του Ιουστίνου κινείται σε δύο πεδία: το κοσμολογικό και το αποκαλυπτικό. Στην πρώτη περίπτωση εντοπίζεται η κοσμική ενέργεια του Λόγου, στην οποία κατά τον Ιουστίνο ο Λόγος δεν είναι η κύρια ποιητική των δημιουργημάτων αρχή, αλλά το όργανο. Στη δεύτερη μέσω των θεοφανειών, όπου ο Θεός- Λόγος είναι η εικόνα του Θεού Πατρός και αγγελιαφόρος. Γενικά θα λέγαμε πως μία τέτοια θεολογία θέτει σε κίνδυνο την προσωπική αυτοτέλεια του Λόγου.