Η ίδρυση του μοναστηριού, που χρονολογείται στο β΄ μισό του 14ου αιώνα (1370-1374), οφείλεται στον ''Όσιο Διονύσιο''. Σε παλαιά έγγραφα η μονή αναφέρεται και με άλλα ονόματα, όπως ''Νέα Πέτρα'', ''Μονή του Μεγάλου Κομνηνού'' ή ''του κυρ Διονυσίου''. Ο ''Όσιος Διονύσιος'' γεννήθηκε στο χωριό Κορησσό της Καστοριάς και σε νεαρή ηλικία, πήγε στο ''Αγιο Όρος'', κοντά στον αδελφό του ''Θεοδόσιο''. Μετά λίγα χρόνια, επί αυτοκράτορα ''Αλεξίου Κομνηνού του Γ΄'' (1350-1390) ο ''Θεοδόσιος'' έγινε Μητροπολίτης στην ''Τραπεζούντα''. [[Εικόνα:Oros.jpg|thumb|350px|left|Άγιο Όρος]]Το γεγονός αυτό έδωσε την ευκαιρία στον ''Διονύσιο'' να πραγματοποιήσει το όνειρο του για την ανάγερση μονής πράγμα που κατόρθωσε με τη μεσιτεία του αδελφού του Μητροπολίτη ''Θεοδοσίου'' το 1375, όταν ο ''Αλέξιος Γ΄'', ενέκρινε την ανέγερση της Μονής με το όνομα του [[Ιωάννης ο Πρόδρομος|Τιμίου Προδρόμου]]<ref>Τσολακίδης Δ. Χρήστος, ''Αγιολόγιο της Ορθοδοξίας'', έκδ. 2η, εκδ. Χ.Δ. Τσολακίδη, Αθήνα 2001, σελ. 569-570.</ref>. Χαρακτηριστικό είναι το γεγονός όπου κατά το διάστημα που ο Όσιος βρισκόταν στην ''Τραπεζούντα'' για να ζητήσει οικονομική βοήθεια, ληστές πραγματοποίησαν επιδρομή κατά της μονής, την λεηλάτησαν και αιχμαλώτισαν τους μοναχούς για να τους πουλήσουν στην Μ. Ασία. Όταν επέστρεψε από την ''Τραπεζούντα'' ο Όσιος και το έμαθε, αναζήτησε τους μοναχούς, τους βρήκε και αφού τους εξαγόρασε γύρισαν όλοι μαζί στον [[Άθως|Άθω]] και συνέχισαν το έργο της ανοικοδόμησης της μονής<ref> Βλ. τον Βίο του Οσίου στο: Συμεών ο Μεταφραστής, ''Νέος Παράδεισος, ήτοι λόγοι διάφοροι και βίοι αγίων'' (μτφρ. Αγαπίου μοναχού), Ενετίησιν 1806, σελ. 490.</ref>.