Το 867 ξεκίνησε μια έντονη κρίση ανάμεσα σε Ανατολή και Δύση, με αφορμή τις αξιώσεις για δικαιοδοτικά προνόμια του τότε Πάπα, ''Νικολάου Α΄''<ref>Meyendorff John-Παπαδάκης Αριστείδης, ''Η Χριστιανική ανατολή και η άνοδος του Παπισμού, Η εκκλησία απο το 1071 ως το 1453'', ΜΙΕΤ, Αθήνα 2003, σελ. 237.</ref>, αλλά και το μεγάλο θεολογικό θέμα του [[Φιλιόκβε]] (που πρώτος, 70 χρόνια πριν είχε αναδείξει σε αντικείμενο διαμάχης ο Καρλομάγνος). Η κρίση αυτή, κατέληξε στον αφορισμό του ''Νικολάου'' από τον Φώτιο, με απόφαση της Συνόδου της Κων/πολης, και στον εκθρονισμό του Φωτίου από τον αυτοκράτορα<ref>Ware Κάλλιστος, στο ίδιο, σελ. 95-96.</ref>. Τα γεγονότα αυτά, που αποτέλεσαν το πρώτο ''σχίσμα'', του ενάτου αιώνα, έφεραν στο προσκήνιο με έντονο τρόπο, τα δύο θέματα, της δικαιοδοσίας και της θεολογίας, που δημιουργούσαν προβλήματα στις σχέσεις των δύο Εκκλησιών. Αλλά, παρά τη διαίρεση αυτή, η ενότητα διατηρήθηκε και η ρήξη μεταξύ Φωτίου και Νικολάου ''"τελικά θεραπεύθηκε"''<ref>Φούγιας, ό.π., σελ. 49.</ref>. Κερδισμένος ήταν ο Φώτιος<ref>Ware Κάλλιστος, στο ίδιο, σελ. 97.</ref> και η ''εν τω Ναώ της του Θεού Λόγου Σοφίας'', Σύνοδος του 879-880, γνωστή και ως [http://el.orthodoxwiki.org/%CE%9F%CE%B9%CE%BA%CE%BF%CF%85%CE%BC%CE%B5%CE%BD%CE%B9%CE%BA%CE%AD%CF%82_%CE%A3%CF%8D%CE%BD%CE%BF%CE%B4%CE%BF%CE%B9#.CE.97_.22.CE.95.CE.BD_.CE.91.CE.B3.CE.AF.CE.B1_.CE.A3.CE.BF.CF.86.CE.AF.CE.B1.22_.CE.97.CE.84_.CE.9F.CE.B9.CE.BA.CE.BF.CF.85.CE.BC.CE.B5.CE.BD.CE.B9.CE.BA.CE.AE_.CE.A3.CF.8D.CE.BD.CE.BF.CE.B4.CE.BF.CF.82 Η΄ Οικουμενική], στο ζήτημα της δικαιοδοσίας, αναγνώρισε στον πάπα το πρωτείο τιμής, ως πρώτου μεταξύ των πέντε Πατριαρχών της αρχαίας Εκκλησίας και επισκόπου της Πρεσβυτέρας Ρώμης, πρώτης πρωτευούσης του κράτους, απέκρουσε όμως και πάλι το διοικητικό πρωτείο του Πάπα με ισχύ σε όλη την Εκκλησία, το οποίο ο ίδιος προέβαλε στην Ανατολή. Ο 1ος κανόνας της Συνόδου<ref><div style="font-family: Palatino Linotype;">«Η αγία και οικουμενική σύνοδος όρισε, αν κάποιοι από τους κληρικούς της Ιταλίας ή από τους λαϊκούς ή από τους επισκόπους, όταν ζούσαν στην Ασία ή στην Ευρώπη ή στη Λιβύη, φυλακίστηκαν ή καθαιρέθηκαν ή αναθεματίστηκαν από τον αγιότατο Πάπα Ιωάννη, να υπόκεινται αυτοί στον ίδιο όρο τιμωρίας και από το Φώτιο, τον αγιότατο Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, δηλαδή να είναι ή καθαιρεμένοι ή αναθεματισμένοι ή αφορισμένοι. Και όσους κληρικούς ή λαϊκούς ή ανθρώπους που ανήκουν στην αρχιερατική και στην ιερατική τάξη σε οποιαδήποτε επαρχία τους αφορίσει ή τους καθαιρέσει ή τους αναθεματίσει ο Φώτιος, ο αγιότατος πατριάρχης μας, να τους θεωρεί αυτούς και ο αγιότατος Πάπας Ιωάννης και η αγία του Θεού εκκλησία της Ρώμης που βρίσκεται κάτω από την εξουσία του, υποκείμενους στην ίδια ποινή της τιμωρίας, ώστε να μη γίνεται καμιά εντελώς καινοτομία ούτε τώρα ούτε στο μέλλον των προνομίων που υπάρχουν στον αγιότατο θρόνο της εκκλησίας της Ρώμης ούτε αυτών που έχει ο επικεφαλής της.»</div> (Ακανθόπουλος, ''Κώδικας Ιερών Κανόνων'', ό.π., σελ. 399.401).</ref> αυτής καθόριζε ότι οι αποφάσεις του Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως και του Πάπα της Ρώμης είναι τελεσίδικοι στα όρια της επικρατείας τους, αναγνωρίζονται αντιστοίχως και από τους δύο και κανείς δεν έχει το δικαίωμα να αναμιγνύεται πέρα από τα όρια της δικαιοδοσίας του στα καθήκοντα του άλλου<ref>Κοντοστεργίου, ό.π., σελ. 280-281.</ref>.
Οταν το 1054 συνέβη το μεγάλο [[Μέγα Σχίσμα του 1054|Σχίσμα]], η νέα αυτή διαίρεση, η σημασία του σχίσματος της ρίξης του 9ου αιώνα είχε ξεχαστεί, και τότε το νέο σχίσμα θεωρήθηκε ως κάτι προσωρινό, ήσσονος σημασίας<ref>Φούγιας, ό.π., σελ. 49.</ref>. Όμως, νέα δεδομένα έρχονται από τον 11ο αιώνα στο προσκήνιο, με διοικητικές αξιώσεις από την πλευρά της δύσης, που σύμφωνα με απόψεις ιστορικών δεν αντιπροσωπεύουν καν ''"την υλοποίηση μιας ομοιόμορφης εξέλιξης, έστω και μέσα στον σχετικά στενό κύκλο της δυτικής λατινικής Εκκλησίας"''· ο Πάπας αναζητούσε πλέον ''"τίτλο ή αξίωμα ανώτερο από του επισκόπου"'' γεγονός που ''"αποτελούσε ριζική αναθεώρηση της δομής και της διοίκησης της Εκκλησίας"''<ref>Meyendorff-Παπαδάκης, ό.π., σελ. 255.</ref>. Και άλλοι έφτανε αυτό, αλλά επιπλέον λόγοι όμως προστέθηκαν, που επηρέασαν τη σκέψη της Ανατολικής Εκκλησίας στο ζήτημα της ενότητας της Χριστιανοσύνης: ''"η βάρβαρη συμπεριφορά των Σταυροφόρων, οι οποίοι προσπάθησαν να προσηλυτίσουν τους Έλληνες στο Λατινισμό, αντιμετωπίζοντας τους ως απίστους, δημεύοντας τις εκκλησίες τους και φυλακίζοντας τον κλήρο τους. Το έτος 1185 οι ιππότες κατέκτησαν τη Θεσσαλονίκη και προέβησαν σε μεγάλες κτηνωδίες, καταστρέφοντας κάθε ιερό και άγιο τόπο της Ορθοδόξου Εκκλησίας"''<ref>Φούγιας, ό.π., σελ. 49.</ref>. Τελικά, η λεηλασία της Κωνσταντινουπόλεως κατά την Τετάρτη Σταυροφορία το 1204, ήταν αυτή που έδωσε το τελικό χτύπημα στις αδελφικές σχέσεις των δύο αυτών μερών της Χριστιανικής Κοινωνίας<ref>Φούγιας, στο ίδιο.</ref>.
==Η θέση της Ορθόδοξης Εκκλησίας για το Παπικό πρωτείο==