Το 1964 επέστρεψε στο [[Άγιο Όρος]], από όπου δεν ξαναέφυγε ποτέ. Η σκήτη η οποία τον φιλοξένησε ήταν η ''Ιβήρων''. Στο διάστημα που παρέμεινε εκεί, και συγκεκριμένα το 1966] ασθένησε σοβαρά και εισηχθεί στο ''Νοσοκομείο Παπανικολάου''. Υποβλήθηκε σε εγχείρηση, με αποτέλεσμα μερική αφαίρεση των πνευμόνων. Στο διάστημα μέχρι να αναρρώσει και να επιστρέψει στο [[Άγιο Όρος]] φιλοξενήθηκε στην [[Μονή Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου]] στη [[Σουρωτή]]. Επέστρεψε στο [[Άγιο Όρος]] μετά την ανάρρωσή του και το 1967 μετακινήθηκε στα [[Κατουνάκια]] και συγκεκριμένα στο Λαυρεώτικο κελί του Υπάτου. Από τότε άρχισε να δέχεται πολλές επισκέψεις. Ήδη το όνομά του έχει αρχίσει να γίνεται αρκετά γνωστό μακριά από το Όρος και κάθε λογής βασανισμένοι άνθρωποι οδηγούνταν σε αυτόν μαθαίνοντας για ένα χαρισματικό μοναχό που ονομάζεται Παΐσιος. Το επόμενο έτος μεταφέρεται στη [[Μονή Σταυρονικήτα]]. Βοηθάει σημαντικά σε χειρωνακτικές εργασίες, συνεισφέροντας στην ανακαίνιση του μοναστηριού. Συχνά μάλιστα βοηθάει ως [[Ψάλτης|ψάλτης]] στη [[Σκήτη Τιμίου Προδρόμου Μεγίστης Λαύρας |Σκήτη Τιμίου Προδρόμου]] το Γέροντα Τυχώνα. Οι δύο γέροντες ανέπτυξαν δυνατή φιλία η οποία τερματίσθηκε με την κοίμηση του Γέρωντα Τυχώνα το [[1968]]. Ο Παΐσιος έμεινε στο κελί του Γέροντα Τυχώνα για ένδεκα έτη μετά την κοίμησή του, πράγμα που ήταν επιθυμία του φίλου του λίγο πριν πεθάνει.

Το [[1979]] αποχώρησε από την [[Σκήτη Τιμίου Προδρόμου|σκήτη του Τιμίου Προδρόμου]] και κατευθύνθηκε προς την [[Μονή Κουτλουμουσίου]]. Εκεί εισχώρησε στη μοναχική αδελφότητα ως [[εξαρχηματικός μοναχός]]. Η Παναγούδα ήταν μια σκήτη εγκαταλελειμμένη και ο Παΐσιος εργάστηκε σκληρά για να δημιουργήσει ένα κελί με «''ομόλογο''», όπου και έμεινε μέχρι και το τέλος τη ζωής του. Από την εποχή που εγκαταστάθηκε στην ''Παναγούδα'' πλήθος λαού τον επισκεπτόταν, ενώ γινόταν και αποδέκτης πολλών επιστολών. Όπως έλεγε ο γέροντας στενοχωρείτο πολύ, γιατί από τις επιστολές μάθαινε μόνο για διαζύγια και ασθένειες (ψυχικές ή σωματικές). Παρά το βεβαρημένο πρόγραμμα του συνέχιζε την έντονη ασκητική ζωή, σε σημείο να ξεκουράζεται ελάχιστα, 2 με 3 ώρες την ημέρα. Συνέχισε πάντα να δέχεται και να προσπαθεί να βοηθήσει ανθρώπους, οι οποίοι στο πρόσωπό του έβλεπαν ένα σκεύος εκλογής και αγιότητος, ένα άνθρωπο να μοιραστούν τα βάρη της ζωής.