Ύστερα από την Μικρασιατική καταστροφή (1922) ο π. Αρσένιος παρέμενε στα Φάρασα ως τις 14 Αυγούστου του 1924. Τότε τον ανάγκασαν οι Τούρκοι να ακολουθήσει το ποίμνιό του κατά την ανταλλαγή των πληθυσμών… Μετά από πολλές ταλαιπωρίες έφτασαν με καράβι στον Άγιο Γεώργιο Πειραιά και χαρούμενοι γιόρτασαν την μεγάλη μέρα του Σταυρού (14 Σεπτεμβρίου 1924) με το παλαιό ημερολόγιο που είχαν στον τόπο τους.
Ήταν πλέον ογδόντα χρονών όταν έφτασε Μετά τον Πειραιά τους μετέρεραν στην Κέρκυρα. Έζησε μόνο δύο βδομάδες στο Κάστρο της Κέρκυρας και λειτούργησε δύο φορές, στον Ι. Ναό του Αγίου Γεωργίου και μία εβδομάδα στο Νοσοκομείο, λόγω της ηλικίας και κυρίως των κακουχιών, όπως είχε προβλέψει και προειδοποιήσει το ποίμνιό του. Κοιμήθηκε στις 10 Νοεμβρίου του ίδιου έτους.
Ο γέροντας εννοείται ότι δεν είχε περιουσία να αφήσει. Μερικά τριμμένα βιβλία έμειναν στον φθαρτό τούτο κόσμο. Όταν το έμαθαν οι Φαρασιώτες ήταν όλοι απαρηγόρητοι, παρ’ ότι τους είχε προετοιμάσει. Συγκεντρώθηκαν πολλοί και έκαναν μεγαλοπρεπή κηδεία, στην οποία μετείχαν και πολλοί ντόπιοι.