Ο Σωφρόνιος πληροφορούμενος τις κατηγορίες εναντίον του αγαπημένου του παιδιού, πείστηκε, με αποτέλεσμα την άμεση εντολή του, για παύση της ιδιότητάς του, κάτι που ήταν εκκλησιαστικά παράνομο. Σύμφωνα με το εκκλησιαστικό δίκαιο έπρεπε να παρουσιαστεί ο Νεκτάριος ενώπιον συνόδου η οποία θα αποφάσιζε μετά ακροάσεως του κατηγορουμένου, την ποινή. Ο Νεκτάριος δεν θέλησε να τραβήξει το σχοινί στα άκρα και ανεχώρησε από την Αλεξάνδρεια, αντίθετα από τους αντιπάλους του οι οποίοι θέλησαν την οικονομική και ηθική εξόντωση του. Πέραν δηλαδή του ότι φρόντισαν να σπιλώσουν το όνομα του στην Αθήνα και την Κωνσταντινούπολη, με αποτέλεσμα να αδυνατεί να εργαστεί οπουδήποτε, παρακρατούσαν και τους μισθούς του, λέγοντας ότι τους λάμβανε. Ο Άγιος Νεκτάριος έτσι βρέθηκε ενώπιον μίας πολύ δύσκολης κατάστασης. Η πενία και η προσωπική ηθική εξόντωση που είχε υποστεί του έκλειναν ερμητικά όλες τις πόρτες. Χαρακτηριστική ήταν η προσπάθειά του, μέσω του Αρχιεπισκόπου [[Γερμανός Καλλιγάς|Γερμανού]] να βρει μια θέση ιεροκήρυκα, την οποία του αρνήθηκε λόγω πιέσεων από την σύνοδο. Ο ίδιος ο υπουργός παιδείας και εκκλησιαστικών του διεμήνυε επίσης, ότι λόγω του νόμου (ο Νεκτάριος δεν είχε ελληνική υπηκοότητα) αδυνατούσε να του παράσχει την παραμικρή βοήθεια. Αυτή την εποχή θα δεχτεί τη διακονία μίας χήρας,η οποία θα τον βοηθήσει να επιβιώσει. Μετά από λίγο καιρό και χάρη στις προσπάθειες ενός κυβερνητικού μέλους που γνώριζε το σημαντικό ποιμαντικό του έργο στην Αλεξάνδρεια, ο Άγιος Νεκτάριος διορίστηκε ιεροκήρυκας. Η φήμη όμως που τον ακολουθούσε ακόμα παρέμενε και η καχυποψία στην κλειστή κοινωνία της Χαλκίδας οπού διορίστηκε συνέχισε να τον στιγματίζει.