Ο Φλάβιος Ιώσηπος αφιερώνει ένα κομμάτι στον έργο του για τον Ιωάννη το βαπτιστή<ref>Ιουδαϊκή αρχαιολογία 18, 5, 1-2</ref>. Στο κείμενο αυτό ο Ιώσηπος αναφέρει πως πολλοί Ιουδαίοι πιστεύουν ότι τιμωρία της διάλυσης του στρατού του Ηρώδη είναι δίκαιη τιμωρία από το Θεό, λόγω της θανάτωσης ενός δικαίου και ενάρετου ανθρώπου. Του Ιωάννη. Ο Ιωάννης, κατά τον Ιώσηπο, είχε προτείνει το βάπτισμα για καθαρισμό του σώματος, καθότι η [[ψυχή]] καθαριζόταν από τον ενάρετο βίο. Είχε ευρύ ακροατήριο και γι αυτό ο Ηρώδης φοβήθηκε τη μεγάλη απήχηση που είχε λάβει η εμφάνισή του, μήπως με αυτή τη δυναμική καταφέρει να παρακινήσει κάποια επανάσταση. Έτσι σκέφτηκε πως θα ήταν καλύτερα να προλάβει ένα τέτοιο ενδεχόμενο θανατώνοντάς τον. Έτσι τον φυλάκισε στο κάστρο του Μάχαιρα<ref>Aπήχε 14 χιλιόμετρα ανατολικά της Νεκράς θάλασσας</ref> και τον δολοφόνησε. Ο Φλάβιος κλείνει αναφέροντας ότι οι Ιουδαίοι πιστεύουν ακράδαντα πως η δολοφονία του δυσαρέστησε το Θεό με αποτέλεσμα να του καταστρέψει τον στρατό.