Στην περίοδο της Φραγκοκρατίας η μονή λεηλατείται από τους Καταλανούς επιδρομείς, οι οποίοι της αποσπούν πολύτιμα κειμήλια. Λίγα έτη αργότερα, οι εξοργισμένοι ενωτικοί λατίνοι, επιτίθενται και πάλι στο μοναστήρι κατά τη φυγή τους από τις άκαρπες διαπραγματεύσεις στην Κωνσταντινούπολη (1271). Οι μοναχοί μάλιστα αρνήθηκαν να ασπασθούν τα ενωτικά φρονήματα των φράγκων, με αποτέλεσμα να κακοποιηθούν, 12 μοναχοί να θανατωθούν δια πνιγμού και ο ηγούμενος Ευθύμιος να απαγχονιστεί. Η μονή τον επόμενο αιώνα μετά από συνδρομές των Παλαιολόγων θα συνέλθει, αλλά μετά από νέες επιδρομές Καταλανών και Τούρκων θα ερημωθούν όλες οι διεσπαρμένες σκήτες της μονής, συρρικνώμενη στο κεντρικό μοναστήρι της Βατοπαιδίου, το οποίο πλέον είχε αποκτήσει μεγάλα τείχη και πύργους, ώστε να μπορεί να ανθίσταται στις επιδρομές. Το 14ο αιώνα η μονή ενισχύεται από τον ''Ιωάννη Καντακουζηνό'', ο οποίος μάλιστα λίγα έτη αργότερα θα μονάσει εκεί, ενώ τον 15ο αιώνα θα μονάσουν επίσης οι ''Ανδρόνικός Παλαιολόγος'', ''Ακάκιος Θεσσαλονίκης'', ''Γαβριήλ Παλαιολόγος'', αλλά και μεγάλος [[Γρηγόριος Παλαμάς]] και ο Πατράρχης του υποδούλου γένους [[Γεννάδιος Σχολάριος]]. Η μονή τελικά λόγω των πολλών επιθέσεων που θα υποστεί σε αυτό το διάστημα, θα υποχρεωθεί να μετατραπεί σε ιδιόρρυθμη, τηρώντας όμως το θεσμό του Ηγουμένου. Έτσι την περίοδο της Τουρκοκρατίας η μονή θα χάσει στη συντριπτική πλειοψηφία των μετοχιών της, αλλά και των γαιών της, ενώ της επιβάλλεται δυσβάσταχτη φορολογία την οποία αδυνατεί να αποκληρώσει. Όμως η διεθνής διπλωματία της μονής έχει αποδόσει καρπούς με αποτέλεσμα να αποκομίσει φίλους από διάφορα μέρη της Ευρώπης όπως την Ισπανία και τη Βενετία, αλλά και τη Μολδοβλαχία, οι οποίοι ενισχύουν τη μονή, ώστε να μην κατασχεθεί από τους Τούρκους. Σημαντική επίσης συμβολή γίνεται από τσάρους και Έλληνες της διασποράς.

Το 1820 η μονή προσπαθεί να επανέλθει σε κατάσταση κοινοβίου, η κήρυξη όμως της επανάστασης ματαιώνει την προσπάθεια αυτή, ενώ από το 1830 η μονή περνάει σε νέα φάση δεινών. Η ίδια αυτή την εποχή προσφέρει καταφύγιο σε αγωνιστές, ενώ δίνει τα χαλκουργεία της για την κατασκευή πυρομαχικών και όπλων. Επίσης ενισχύει με τρόφιμα αγωνιστές, ναυλώνοντας πλοία για το σκοπό αυτό. Την ίδια εποχή ο κίνδυνος είναι πλέον ορατός για την αγιορείτικη αδελφότητα να καταστραφεί από τον Τουρκικό στόλο και ο ηγούμενος της μονής προτρέπει να σταλεί αντιπροσωπεία ώστε να συνθηκολογήσουν με τον πασά ''Αβδούλ Ρουμπούτ''. Ο ίδιος πείθεται, ζητώντας αποζημίωση 1.500.000 γροσίων. Το ποσό ήταν αδύνατο να καλυφθεί όμως, και έτσι ζήτησαν να δοθεί προκαταβολικά ένα ποσό και εν συνεχεία μέσα σε προκαθορισμένες ημερομηνίες να παραδοθεί και το υπόλοιπο ποσό. O ''Ρουμπούτ'' δέχεται, κρατάει ως ομήρους όμως τους προϊσταμένους των μονών, εκ των οποίων οι περισσότεροι πέθαναν από τις κακουχίες των Τούρκων στρατιωτών. Ο πασάς επίσης αποστέλει και 3.000 στρατιώτες στο Άγιο όρος, ώστε να αφοπλίσουν τις μονές, να συλλέξουν πυρομαχικά και να συλλάβουν τους επαναστάτες. Η ''Μονή Βατοπαιδίου'' σε αυτή τη περίσταση συνέβαλλε τα μέγιστα καθώς ουσιαστικά συντήρησε τις άλλες μονές, δίνοντάς τους τροφή. Τα επόμενα χρόνια, η μονή υποχρεωτικά πουλάει μεγάλο μέρος της περιουσίας της, διότι αδυνατεί να καλύψει τις ανάγκες της και τη βαριά φορολογία, συνεχίζοντας παράλληλα το φιλανθρωπικό της έργο, ενισχύοντας τη ''μεγάλη του Γένους Σχολή'', τη ''θεολογική σχολή της Χάλκης'' και ενισχύοντας του Έλληνες στις δύσκολες εποχές που περνούσαν. Ενισχύει επίσης του Θεσσαλονικείς μετά τη μεγάλη πυρκαγιά του 1917, ενισχύει το γαλλικό Ερυθρό σταυρό, εξαγοράζει δύο χωρία από Τούρκο αγά (Βραστά και Σταυρό Χαλκιδικής), ανεγείρει σχολεία στη Κύπρο κ.α.