Όταν πληροφορήθηκε την λειτουργία της «''Αθωνιάδας Σχολής''» με Διευθυντή το ''Νεόφυτο Καυσοκαλυβίτη'', από την Πάτρα, εγγράφεται αμέσως (1751), την εποχή που αναλαμβάνει Διευθυντής ο [[Διάκονος]] τότε, [[Ευγένιος Βούλγαρης]]. Από τον Νεόφυτο εκπαιδεύτηκε στα «''Γραμματικά''» και στα «''Περί Συντάξεως''» του Θεοδώρου Γαζή, ενώ από τον Ευγένιο στα φιλοσοφικά μαθήματα και τις υπόλοιπες επιστήμες της εποχής. Κατόπιν εκπαιδεύεται στη ''Ρητορική'' και την ''ποιμαντική'', ενώ σταδιακά αρχίζει να ξεχωρίζει για τις ικανότητές του. Η διαρκής ανέλιξή του τον καθιστά «''δεξί χέρι''» του Ευγένιου Βούλγαρη και σε ηλικία 35 ετών, αναλαμβάνει τη θέση του καθηγητή της Σχολής.
===Ως δάσκαλος και σχολάρχης===
Η φήμη του ξεπέρασε τα όρια για τις ικανότητές του Άθωνα. Έτσι γρήγορα γρήγορα μαθεύτηκε στη ανάμεσα στην υπόδουλη ορθόδοξη κοινότητα γι αυτό και οι Θεσσαλονικείς τον θέλουν ζητούν για τη Δ/νση Διεύθυνση της Σχολής τους. Με παρότρυνση αλλά και πίεση του Ευγένιου Βούλγαρη δέχεται, αφού στην αρχή αρνήθηκε λόγω αν και αρχικά προέβαλλε κάποιες ενστάσεις, εξαιτίας του βάρους της ευθύνης. Έτσι διευθύνει τη Σχολή επιτυχώς για τέσσερα χρόνια (1758-1762). Το , όταν και το 1762 η Σχολή κλείνει γιατί έγινε επιδημία , λόγω επιδημίας πανώλης. Καταφεύγει κατόπιν Έτσι καταφεύγει σε μια σχολή στην Κέρκυρα. Εδώ διδάσκει και , που τη διευθύνει μια σχολή ο [[Νικηφόρος Θεοτόκης]]. Δεν έχασε λοιπόν την ευκαιρία να συμπληρώσει Εκεί τελικά ολοκληρώνει τις σπουδές του (40 ετών). Τότε τον καλεί και οδηγείται στο Μεσολόγγι ο φίλος , μετά από πρσόκληση, του και συμμαθητής σημαθητή του στην στη Αθωνιάδα , Παναγιώτη Παναγιώτης Παλαμάς. Είχε Παλαμά, που είχε ιδρύσει από το 1760 την «Παλαμιαία Σχολή». Ανταποκρίνεται αμέσως. Η «''Παλαμιαία Σχολή προοδεύει και λειτουργεί συνεχώς μέχρι το 1821''».
Ειδικά μετά Μετά τα Ορλωφικά (1768-1774) ήταν η «''Παλαμιαία σχολή''» βρίσκεται σε ακμή. Μέχρι το 1771 ο ρόλος με τον αθανάσιο να διαδραματίζει σημαντικό ρόλο, όμως τότε είναι που λάβει την τιμητική πρόσκληση του Αθανάσιου είναι καθοριστικός. Τότε ο Αθανάσιος λαμβάνει ειδική επιστολή από το Πατριαρχείοαναφέροντας: «Η «''Η μεγάλη του Χριστού Εκκλησία δια γραμμάτων Συνοδικών τον παρακαλεί ν’ απέλθει εις Άγιον Όρος ως διδάσκαλος και σχολάρχης της Αθωνιάδος Σχολής μετά τον αοίδιμον Ευγένιον»Ευγένιον''». Έτσι η περίοδος 1771-1777 είναι λαμπρά. Την περίοδο αυτή Ο ίδιος δέχεται άμεσα και παρεπιδημεί στο Άγιο Όρος ο , οπού συναντά τον (Άγιος) [[Μακάριος Νοταράς|Μακάριο Νοταρά]], ο οποίος τον προτρέπει να χειροτονηθεί. Ο Αθανάσιος υπακούει και χειροτονείται απ’ τον ίδιο [[πρεσβύτερος (είναι περίπου 55 ετών)]].
Το 1777, πικραμένος από τον τρόπο που αντιμετωπίστηκαν οι «Κολλυβάδες» «[[Κολλυβάδες]]» και μετά από κάλεσμα επιστρέφει ως Σχολάρχης στη Σχολή της Θεσσαλονίκης. Διευθύνει την Σχολή για 6 έτη (1777-1783) ή για άλλους 8 έτη (1777-1785). Εννοείται πως η Θεσσαλονίκη Το ποίμνιο της Θεσσαλονίκης τον γνώρισε γνωρίζει πλέον και στο Θυσιαστήριο και στον Άμβωνα από του άμβωνος ως Ιερέα, αυτόν τον συνεχιστή των παραδόσεων. Με Πατριαρχικό γράμμα Τώρα με νέα Πατριαρχική επιστολή καλείται να αναλάβει τη διεύθυνση της Σχολής της Κωνσταντινουπόλεως. Του ζητούν μάλιστα να καθορίσει μόνος του το ύψος της αμοιβής του. Απαντά Ο ΄διος όμως: “Τας μεν αρχιερατείας τιμώ και προσκυνώ αλλ’ εγώ δεν είμαι άξιος. Αν εκαταλάμβανα ότι έκαμνα περισσότερον καρπόν εις την Βασιλεύουσαν πόλιν, ήθελα έλθει αυτόκλητος. Επειδή όμως, ως στοχάζομαι, αυτού είναι κάποια εμπόδια, διά τούτο, άφετέ με, παρακαλώ, εδώ εις τα πέριξ να ωφελώ όσον δύναμαι τους αδελφούς μου και το Γένος μου”. Και τον άφησαν…θα απαντήσει
Αποφασίζει λοιπόν να πάει στην πατρίδα του, την Πάρο. Και ενώ το πλοίο κατευθύνεται προς το νότιο Αιγαίο, ξεσπάει ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος :«''Τας μεν αρχιερατείας τιμώ και το πλοίο αναγκάζεται να προσορμισθεί στη Χίο (5-6 Νοεμβρίου 1786, 64 ετών)προσκυνώ αλλ’ εγώ δεν είμαι άξιος. Αποσύρεται στο μονύδριο της Αγίας Τριάδας «Κάθισμα». Εκεί βυθίζεται στη μελέτη και Αν εκαταλάμβανα ότι έκαμνα περισσότερον καρπόν εις την προσευχήΒασιλεύουσαν πόλιν, ήθελα έλθει αυτόκλητος. Ο πόλεμος Επειδή όμως δεν τέλειωνε. Η Σχολή της Χίου ήταν τότε ακέφαλος. Οι Χιώτες δεν ήθελαν να χάσουν την ευκαιρία, παρ’ όλες τις αντιρρήσεις του Αθανάσιου. Γνώριζαν τις σχέσεις του ως στοχάζομαι, αυτού είναι κάποια εμπόδια, διά τούτο, άφετέ με τον άγιο Mακάριο (Νοταρά) , παρακαλώ, εδώ εις τα πέριξ να ωφελώ όσον δύναμαι τους αδελφούς μου και το Γένος μου”. Και τον Κοινοβιάρχη Νήφωνα και τον σεβασμό του στο Μητροπολίτη Χίου Γαβριήλ. Την Περίοδο αυτή συνοψίζει στο λαό της Χίου την Ρητορικήν Πραγματείαν του Ερμογένους. Όταν την τέλειωσε ο πόλεμος συνεχιζόταν… άφησαν…''»
Συνέχισε με Η οριστική του απόφαση είναι η επιστροφή στην πατρίδα του, την Πάρο. Και ενώ το πλοίο κατευθύνεται προς το νότιο Αιγαίο, ξεσπάει ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος και το πλοίο αναγκάζεται να προσορμισθεί στη Χίο (5-6 Νοεμβρίου 1786, 64 ετών). Αποσύρεται στο μονύδριο της Αγίας Τριάδας «''Κάθισμα''». Εκεί στη μελετά και προσεύχεται. Ξεκινά το Θεολογικόν του [[Άγιος Ιωάννης ο Δαμασκηνός|Αγίου Ιωάννου του Δαμασκηνού ]] (Δογματική), και την ''Λογική '' του αοιδίμου Ευγένιου Βούλγαρη. ΄Όταν τέλειωσε Όταν τελειώνει ο πόλεμος, ετοιμαζόταν για την Πάρο, αλλά… του έκλεισαν το δρόμο οι Χιώτες και τον προέτρεψαν οι προαναφερθέντες Ιεράρχες. Το δίλημμα είναι οξύ, αλλά δέχεται να παραμείνει στη Χίο, στα χέρια της θέλησης του Θεού.Θα μείνει τελικά Τελικά θα παραμείνει εκεί τρεις δεκαετίες. Η Σχολή επί των ημερών του γνωρίζει τεράστια ακμή και ανάλογη φήμη. Μαθητές έφταναν από Αίγυπτο – Συρία – Παλαιστίνη – Πελοπόννησο – Κρήτη – Αιγαίο – Σμύρνη – Θεσσαλονίκη – Κωνσταντινούπολη - Ήπειρο, ακόμη και από στη λεγόμενη «''Φιλοσοφική Σχολή''», όπως την Αρμενίααποκαλούσαν. Πολλοί απ’ αυτούς έγιναν δάσκαλοι στις πατρίδες τους…Το 1812 (90 ετών) πλέον παραιτείται.
Διεύθυνε την «Φιλοσοφική Σχολή», όπως την αποκαλούσαν, μέχρι το 1812 (90 ετών). Τότε τον απήλλαξαν δίδοντάς του πλήρη μισθό.
===Ο διωγμός και το τέλος της ζωής του===
