Αλλαγές

Μετά όμως το θάνατο του ''Μιχαήλ Η΄'' (1282), ο νέος αυτοκράτορας ''Ανδρόνικος Β΄'' τον αποκατέστησε. Αν και ήταν ηλικιωμένος και και με πολλά προβλήματα υγείας η αποκατάστασή του θεωρήθηκε επιβεβλημένη για την αποκατάσταση της ''κανονικής τάξης''. Επανήλθε στο θρόνο στις 31 Δεκεμβρίου 1282 και αμέσως φρόντισε να καθαιρέσει τον Βέκκο και τους αυτοκρατορικούς απεσταλμένους στις ενωτικές διαπραγματεύσεις. Λίγο αργότερα συγκάλεσε Σύνοδο για την οριστική καταδίκη των φιλενωτικών<ref>Στη διένεξη που εκδηλώθηκε τότε, μεταξύ των ακραίων που ζητούσαν αυστηρότατη τιμωρία όσων είχαν έλθει σε κοινωνία με τους Λατίνους ο Ιωσήφ ανήκε στους μετριοπαθείς που υποστήριζαν ελαφρότερες ποινές.</ref> . Η άσχημη κατάσταση της υγείας του τον ανάγκασε να παραχωρήσει την προεδρία της Συνόδου στον παριστάμενο Πατριάρχη Αλεξανδρεία Αθανάσιο. Λόγω της άσχημης υγείας του Τελικά παραιτήθηκε τον Μάρτιο του 1283 και πέθανε λίγες μέρες αργότερα. Για τη σθεναρή του στάση υπέρ της Ορθοδοξίας ανακηρύχθηκε Άγιος και η μνήμη του τιμάται στις 30 Οκτωβρίου. Το 1310, για να πειστούν οι Αρσενίτες να επιστρέψουν στην Εκκλησία, το όνομά του διαγράφτηκε από τα δίπτυχα, όμως ένα Χρυσόβουλλο που εξέδωσε ο Ανδρόνικος λίγο αργότερα αποκαθιστούσε τη μνήμη του.