== Α΄ Πατριαρχεία ==
Γρήγορα Κατά τη διάρκεια της πατριαρχείας του παρεχώρησε το προνόμιο της πατριαρχικής Μονής στην Θεοτόκο τη Μακρινίτισσα και στον Πρόδρομο Νέων Πατρών (Υπάτης). Αυτά όμως διατύπωσε αντιρρήσεις για που χαρακτήρισαν την εξωτερική πολιτική πατριαρχεία του αυτοκράτορα σχετικά ήταν η σύγκρουση με τους υποστηρικτές του προκατόχου του Αρσενίου<ref>Η σύγκρουση αυτή οδήγησε στην απόσχηση μιας μεγάλης ομάδας πιστών, των Αρσενιατών, οι οποίοι είχαν τη βάση τους κυρίως στην Μικρά Ασία και οι οποίοι παρέμειναν αποκομμένοι από την Ένωση Εκκλησία μέχρι το 1311. Παράλληλα όμως εμφανίστηκε και μια άλλη ομάδα πιστών, οι λεγόμενοι ''Ιωσιφίτες'', οι οποίοι αν και παρέμειναν πιστοί στην επίσημη Εκκλησία χαρακτηρίζονταν ως φανατικά ανθενωτικοί.</ref> και η υπόθεση της ''Ένωσης των Εκκλησιών''. Αν Ο Μιχαήλ επιδίωκε την άρση του Σχίσματος για να αποτρέψει τη σχεδιαζόμενη σταυροφορία εναντίον του. Ο Ιωσήφ, αν και απ' αντίθετος με την Ένωση, φαίνεται ότι φαίνεται αποδεχόταν την για λόγους πολιτικής σκοπιμότητας ανάγκη να επανενωθούν οι Εκκλησίες, όμως αρνήτο κατηγορηματικά να αποδεχτεί το σύνολο των απαιτήσεων του ''Πάπα'', χωρίς τουλάχιστον τη σύγκληση [[Οικουμενικές Σύνοδοι|Οικουμενικής Συνόδου]]και τη ρητή αποδοχή των αποφάσεων και από τους άλλους Πατριάρχες. Τελικά, μετά Μετά τη Σύνοδο της Λυών, στην οποία ο αυτοκράτορας απεδέχθη όλες τις απαιτήσεις των Δυτικών, διαφώνησε μαζί του και τον κατήγγηλε ανοιχτά. Έτσι, με αυτοκρατορική εντολή, εξαναγκάστηκε σε παραίτηση <ref>Μαρτυρείται ότι ο Ιωσήφ είχε υποσχεθεί στον αυτοκράτορα πως δε θα εμπόδιζε ανοιχτά τις ενωτικές διαπραγματεύσεις και στην περίπτωση που αυτές είχαν επιτυχή κατάληξη θα μπορούσε να παραιτηθεί χωρίς άλλες συνέπειες, βλ. Beck, ''Ιστορία της Ορθόδοξης Εκκλησίας'', Β΄, 146-150.</ref> και κλείστηκε σε μοναστήριστη Μονή Περιβλέπτου, στην Κωνσταντινούπολη, ενώ αργότερα μεταφέρθηκε στη Χιλή, τη στον Εύξεινο Πόντο. Τη θέση του κατέλαβε ο φιλενωτικός [[Ιωάννης ΙΑ΄ Βέκκος|Ιωάννης Βέκκος]].
== Β΄ Πατριαρχεία και Θάνατος ==
